黑龙江中医药大学基础医学院前身为黑龙江中医学院基础医学部，始创于1972年4月,1997年7月更名为基础医学院。学院现下设19个教研室，由中医基础系列、西医基础系列两部分组成，承担着学校各专业本科生、研究生及留学生等的中医、西医基础课程教学工作和相关科研工作。经过40多年的建设与发展，现已成为黑龙江中医药大学人才培养、教学和科学研究的重要基地。 

学院拥有国家级重点学科1个、国家中医药管理局重点学科4个，省级重点学科5个；国家中医药管理局三级重点实验室2个，国家中医药管理局重点研究室1个，黑龙江省教育厅高校重点实验室1个，全国名老中医药专家传承工作室3个；具有博士学位授权学科5个、硕士学位授权学科7个；现有全日制在校研究生160人，其中博士研究生42人，港澳台及留学博士生6人；硕士研究生109人，港澳台及留学硕士生3人。 

近三年主持国家级科研项目13项，省部级科研项目22项，厅局级科研项目27项；获得黑龙江省科学技术奖8项，厅局级科学技术奖24项；发表科研论文353篇，其中SCI、EI收录19篇。 

学院学科研究平台使用面积1773.53平方米，拥有配套设施完善、较为先进的仪器设备564台件，总值2768万元。各大型仪器设备学科间均可共享，为开展各层次的科学研究奠定了良好的基础。 

学院秉持“立德树人、求实创新；教研并重、笃学力行”的工作理念，突出教学工作的中心地位，坚持人才培养质量是生命线这一根本；以学生为中心，以教师发展为本位；遵循教育规律和人才成长规律，把服务专业、夯实基础、培养能力、提高素质作为着力点和落脚点，注重培养学生的学习能力、医学思维能力、实践能力和创新精神；更新教育教学观念，深化教育教学改革，推动教学质量的不断提升。