黑龙江中医药大学基础医学院有博士学位授权二级学科5个,中医基础理论学科、中医医史文献学科、方剂学学科、中医临床基础学科、中西医结合基础学科;有硕士学位授予二级学科5个,中医基础理论学科、中医医史文献学科、方剂学学科、中医临床基础学科、中西医结合基础学科;有博士专业学位授权点5个,中医基础理论、中医医史文献、方剂学、中医临床基础、中西医结合基础;硕士专业学位授权点6个,中医基础理论、中医医史文献、方剂学、中医临床基础、中西医结合基础、药理学。学院现有专职博士生指导教师 人,硕士指导教师 人。现已毕业并获得学位的研究生有2158人,其中博士学位438人,港澳台及留学博士生 50人。硕士研究生1598人,港澳台及留学生硕士72人。现有在校研究生265人,其中全日制学术博士66人,全日制学术硕士197人,港澳台及留学硕士2人。